最新第四色网站 时常看到的NC_、NM_、NR_、XM_、NP_ 是什么事理?
发布日期:2024-10-27 09:29 点击次数:136
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艳母在线观看参考序列(Reference Sequence, RefSeq)数据库是公开可用的核苷酸序列(DNA、RNA)偏激卵白居品的集结,于2000年由好意思国国度生物技艺信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)[附庸于好意思国国立卫生估计院(National Institutes of Health, NIH),于1988年修复]开垦,并讲求留神该资源。RefSeq数据库是一个分类学上各种化的、非冗余的(non-redundant)、把稳丰富、和谐的序列集结。RefSeq可用于基因组学估计、基因抒发分析、功能把稳和各种其他估计应用。RefSeq数据库包含各种生物体的参考序列,包括但不限于细菌、古细菌、植物、动物、真菌和病毒。RefSeq是由提交给海外核酸序列数据库定约(International Nucleotide Sequence Database Collaboration, INSDC)的序列数据组成。INSDC是海外生物数据库鸿沟的紧迫配合组织,于2005年缔造,由三家成员单元组成,辨认是好意思国国度生物技艺信息中心(NCBI)、欧洲分子生物推行室欧洲生物信息学估计所(European Molecular Biology Laboratory-European Bioinformatics Institute, EMBL-EBI)、日本国立遗传估计所DNA数据库(DNA Data Bank of Japan, DDBJ)。图片
RefSeq包含了基因组、转录本、卵白质的参考序列。RefSeq数据库继承严格的解决设施,以保证基因序列的准确性。RefSeq为每个序列提供全面的把稳,包括基因位置、外显子/内含子区域、择性剪接变异、翻译后修饰和功能域的关系详备信息。RefSeq数据库解除了来自不同来源的数据,举例莳植不雅察、筹画估计、学术援用,为参考序列提供可靠的把稳。RefSeq数据库会依期更新,以整合新的基因组、转录组和卵白质组信息,从而保证学者们不错使用最新的参考序列。该数据库有助于与其他NCBI 资源(包括GenBank和PubMed)进行交叉援用,从而使用户好像深远估计补充信息和关所有据。图片
估计东谈主员不错通过NCBI 网站探望 RefSeq,好像进行针对性的序列搜索、基因组把稳并赢得关所有据。RefSeq数据库为用户提供易于使用的搜索界面,好像根据要道字、登录号(accession number)、生物称呼或其他标志符进行搜索。RefSeq标志符包含登录号和版块号(version number), 两者用“.”离隔。RefSeq的定名规章所以两个字母为起头,背面跟“_”,然后是纯数字(integer identifier, gi)。第一个字母图片
NCBI为东谈主类、小鼠、大鼠、蜜蜂、鸡、黑猩猩等基因组序列数据提供把稳。该历程是自动化的,数据会依期刷新。在许厚情况下,RefSeq是通过对全基因组序列的筹画估计生成的,何况莫得针对该特定生物体的实考凭据。在这些情况下,以'X'或'Y'为起头,产生的序列为“model RefSeq”。而经过推行考证的序列以'N'为起头,产生的序列为“Known RefSeq”,“N” 亦然“non-redundant”的助记符。NCBI RefSeq一直在更新,这些定名代表的是一种景色,时常会遭遇某个“XM_”纪录被“NM_”代替,或者“NM_”纪录由于辗转凭据而从NCBI RefSeq删除。第二个字母第二个字母分子类型含义CGenomic齐全的(complete)基因组分子序列GGenomic不齐全的基因组区域(incomplete genomic region)MmRNAmRNA, 闇练的转录本序列(protein-coding transcripts)PProtein卵白居品,氨基酸序列RRNA非编码的转录子序列(non-protein-coding transcripts)T,W,ZGene未全齐把稳的测序序列前边两个字母组合图片
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ACCESSIONMOLECULENOTEAC_Genomic可供聘请的把稳的基因组序列,主要用来象征病毒和原核生物。AP_ProteinAC_象征序列对应的卵白居品。NC_Genomic齐全的基因组分子序列,象征的类别包括基因组、染色体、细胞器、质粒。NG_Genomic不齐全的基因组区域,相比有代表性有不转录的假基因或者那些很难自行化把稳的基因组簇。NM_mRNA转录居品序列;闇练mRNA转录本序列。NP_Protein卵白居品;主如果全长转录氨基酸序列,但也有一些独一部分卵白质的部分氨基酸序列。NR_RNA非编码的转录子序列,包括结构RNAs,假基因转子等。NT_GenomicBAC或者鸟枪测序法的还未全齐把稳的测序序列。NW_GenomicBAC或者鸟枪测序法的还未全齐把稳的测序序列。NZ_Genomic汇集的各种期骗鸟枪法测序的测序盘算,ABCD代表的是盘算的称呼。XM_mRNA转录居品;mRNA来自基因组把稳,序列特地于基因组重迭群。XP_Protein卵白居品;序列特地于基因组重迭群。XR_RNA转录居品;非编码区来自基因组把稳,序列特地于基因组重迭群。YP_Protein卵白居品。不触及到转录,主要用来象征细菌、病毒和线粒体。ZP_Protein卵白居品,主如果用电脑自动把稳。NS_Genomic未知生物分子基因组序列。图片
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Nucleic Acids Research, 2016, Vol. 44, Database issue D735数字举例 “NR_123456.1”,编号小点后的数字代表的是版块信息。1为初版的编号,2第二版编号。 本站仅提供存储就业,所有本体均由用户发布,如发现存害或侵权本体,请点击举报。
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